1)невозможность удаления из сточных вод токсичных, биохимически неокисляемых органических загрязнений;
2)менее глубокая и стабильная степень очистки по сравнению с физико-химическим методом очистки;
3)большие размеры сооружений;
4)большая чувствительность к изменениям нагрузок;
5)отсутствие полной автоматизации; необходимость мониторинга за деятельностью живых организмов;
6)отсутствие возможности рекуперации различных веществ

невозможность удаления токсичных, биохимически неокисляемых органических загрязнений; менее глубокая степень очистки; большие размеры сооружений; большая чувствительность к изменениям нагрузок; отсутствие полной автоматизации; необходимость мониторинга за деятельностью живых организмов; отсутствие возможности рекуперации различных веществ